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大会十分顺利的完毕，在会议结束之后，周亦云开始了日共改造计划，首先从组织架构鉴于现在组织人员较少，周亦云，野坂参三和佐野学组成的中央常务委员会进行工作，在确定 武装反抗与地下斗争方针之后
周亦云对着野坂参三和佐野学强调：“党应当发动在日本和红色联盟的党员回到群众中去，组织秘密的革命支部，在去除从教条主义之后，我们要重新走上革命的大道”。
在日本反动派十分强大的基础上，全党将全部转入地下进行斗争，为了适应需将组织进行调整在莫斯科的日共中央机关将由莫斯科迁移到符拉迪沃斯托克，建立秘密的情报，军事工作机关，现存的日共的党员全部转入地下重新建立建立严密的秘密交通网和联络系统，在周亦云的邀请下林娥化名山本云子负责组建情报工作，由于党经常被叛徒出卖与特务破坏，日本政府情报人员、黑涩会势力渗透到内部，让叛徒如三田村四郎等人频繁出现，严重威胁日本共产党的安全。
由于日本共产党下几乎没有地下斗争经验，也缺乏专业保卫力量，日本共产党的组织基础薄弱，缺乏应对白色恐怖的秘密工作经验，在此背景下，1930 年 1月，所以在周亦云的建议下，在莫斯科和符拉迪沃斯托克成立中央特科，作为直属中央的最高秘密工作机构，负责情报搜集、反特务、保卫中央机关、营救同志、惩处叛徒等任务。
日共中央特科将仿造，华夏红党下设四个科室，1，设立总务科，负责负责中央机关的秘密选址、布置和掩护，处理善后事务（如转移机关、营救被捕同志、安葬牺牲者）还有必要时将执行镇压叛徒、处决特务的任务。
2，情报科，搜集日本反动派政府的军政情报，建立秘密情报网络，在日本军国主义和法西斯的压迫下联系，各界人士（包括进步人士、日本政府内部人员）建立联系，获取机密信息，并且负责情报的分析、传递和保密工作。
3，行动科负责执行锄奸任务，营救被捕同志；在紧急情况下进行武装保卫（如护送中央领导转移）。
4，交通科组建之后将与华夏红党，红色联盟合作，重新建立前往日本本土的建立秘密交通线，在武装起义以后他们将负责日共中央和各根据地、苏区的文件、物资的传递，他们也将负责培训无线电报务员，建立地下电台，保障红色联盟和日本本土的通讯联络。
在白色恐怖之中日本共产党遭受严重的破话，要以恢复失落党员的联系和发展党组织为第一要务
为了在在白色恐怖下，党组织能够生存下来，周亦云借鉴红党经验和日本自身的情况指定了严格的党员标准与审查并且明确表示了在白色恐怖下，党组织应该更加注重党员的阶级觉悟和忠诚度，在向日本国内下发的文件强调质量优先于数量。新党员需经严格考察，履行秘密入党手续，切断与公开身份的联系。
在发展党员的同时，也要重建基层支部，周亦云建议的达到特定的人数就可以组建一个党支部得到了中央委员会的一致通过，由他们商量人数，并且特别强调了在工厂、农村、学校、军队中重建或新建秘密党支部，要求所有的支部必须以群众为斗争的核心。而在军队上面，周亦云十分重要的强调了纪律性，绝对不允许以下克上，确立支部建在小队上的原则，强化党对军队的绝对领导和纪律性。
各地可以联系到的党组织，抽调精干力量前往日本农村，山区少数民族区域，发展党员和培养工农骨干，在大量吸收工人、农民中的积极分子入党，改变党员成分结构。到人民中去。
在确立武装斗争之后结合实际情况日本军队中的下层士兵将会重点做工作，其实在日本军队之中也有一些下层军人对日本国内的财阀，地主残余十分的不满再加上日本国内资源稀少，大部分掌握在财阀手里吗，在日本一名普通士兵最优秀都只能成为几乎伍长、军曹等，海军的下士几乎不能够上升成为军官，这部分日本农村的精英将成为主要的争取对象。
周亦云深知，在农村建立政权将成为日本革命的生死之路，所以农村将成为了周亦云强调的重中之重，在二战开始之后，日本政府将通过教育体系、媒体和神社祭祀，将天皇神化为 “现人神”，宣称日本民族是 “天孙民族”，负有 “统治万国” 的神圣使命。
1937 年出版的《教育敕语》被奉为 “国民精神的宪章”，要求全体国民 “一旦危急，则义勇奉公，以扶翼天壤无穷之皇运”，将效忠天皇与为国战死绑定为最高道德准则。日本政府还将全国人口纳入严密的基层控制网络，如邻保甲制，以 10—15 户为单位，强制居民互相监视、报告 “可疑行为”，任何对战争政策的不满都可能被举报并遭到惩罚。
青少年被强制编入少年团，接受军事训练和军国主义思想灌输；妇女则被组织进大日本妇人会，被迫参与 “国防妇人” 活动，为战争摇旗呐喊。所以必须在日本政府重视农村之前和人民群众打成一片，特别是反法西斯战争开启之后，将是红旗壮大的时刻。
同样为了加强党内教育与纪律建设，日共中央将在符拉迪沃斯托克举办党员培训班培养高级干部：在四国、九州等地设立地下党校，负责让日共党员学会地下斗争。
为防止叛徒破坏，党组织建立严格的纪律体系，要求党员严守秘密、服从组织，对叛变行为严惩不贷。同时，实行 “单线联系”“化名制度” 等秘密工作方法，确保组织安全。
