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过程绝非易事，剂量、接种部位（皮肤划痕）、动物的个体差异，都是未知数。第一批接种的猴子，有的毫无反应，有的却迅速病倒，高烧、出痘，几天内便奄奄一息，证明原始毒株的毒性依然太强，或者混杂了其他病原。每一次失败，都意味着宝贵时间的流逝和实验动物的死亡，也沉重地打击着团队的士气。李大坤只能强打精神，记录下每一个细节，调整方案，尝试用更稀释的痘浆，或者先在牛犊身上多传几代再看。
对那些死鼠和病猪的处理则更加危险。解剖是在一间单独、通风极差的石屋内进行，所有参与人员都包裹得严严实实。恶臭几乎能穿透厚厚的口罩。李大坤忍着强烈的生理不适，仔细检查老鼠肿大的淋巴结（疑似鼠疫的腹股沟淋巴结肿）、变色的内脏，以及病猪的肺部病变。他尝试用最干净的薄刃片取样，然后放在干净的玉片上，思考着如何“培养”这些看不见的“病原”。他用过肉汤，甚至尝试用鸡蛋（但保存不当很快腐败），效果都不理想。更多的是采用各种物理化学方法试图灭活或减弱它们——放在特制的小烘箱里用炭火低温长时间烘烤，置于烈日下暴晒，或者尝试用极低浓度的砒霜、水银溶液浸泡……这些方法大多基于猜想，成功率低得可怜。
提取血清是另一条希望之路，也同样步履维艰。从那些康复者（包括那位歌妓）身上采血，本身就需要极大的勇气和技巧。用的是中空的金针（认为金更稳定）和经过蒸煮消毒的猪膀胱或质地致密的瓷瓶承接。血液的保存和分离是最大的难题。
李大坤尝试让血液自然静置沉淀，但速度慢，且容易腐败。他试过加入明矾等促凝物质，但效果不佳。一次偶然，他在尝试用某种南方常见的、带有黏稠汁液的植物（类似于仙人掌或芦荟）处理伤口时，发现其汁液似乎能加速血液分层。他立刻抓住这个线索，反复试验，虽然完全不明白其中促进凝血或改变渗透压的原理，但最终确实找到了一种能相对高效获取上层澄清淡黄色血清的土办法。尽管这“血清”的纯度、抗体浓度和安全性都无法保证，但已经是黑暗中摸索到的一丝微光。
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戚睿涵则更多地负责整个皇庄的统筹、协调、安全保障和对外联络。他根据现代防疫知识皮毛，结合此时此地的条件，制定了极其严格的隔离和消毒规程。
所有进入核心污染区的人员，必须用浸过醋、石灰水甚至高度烧酒的厚布巾严密蒙住口鼻，穿着特制的、全身包裹的“防护服”，出来后所有衣物必须立即投入专门的石灰池中浸泡后焚毁，人员也需用烈酒仔细擦拭身体裸露部位，并在专门的“净化区”观察一段时间。他甚至还用不同颜色的布条做了简单的标识，将皇庄内部分为“洁净区”（办公、生活）、“半污染区”（物资中转、初步消毒）和“污染区”（实验室、动物房、隔离病房），严格限制人员跨区流动，并设置了监督岗。
过程绝非一帆风顺，失败和牺牲是家常便饭。最沉重的一次打击发生在一次尝试用高温蒸汽处理一批取自死鼠的疑似病原样本时。一名年轻而富有好奇心的太医院学徒，或许是想看得更清楚，在操作一个临时改造的、用于蒸汽加热的密闭铜罐时，因为连接处老化泄漏，一股带着异味的热雾喷出，他虽然及时躲开，但可能仍有少量吸入。
几天后，他开始出现寒战、高烧、咳嗽带血等症状。尽管李大坤和戚睿涵立刻将他隔离，并用尽一切办法救治，包括尝试使用刚刚提取的、未经检验的血清，但那名学徒的病情还是迅速恶化，最终在痛苦的挣扎中去世。他的死亡，给整个团队蒙上了一层厚厚的阴影，恐惧和绝望再次蔓延。有人开始偷偷哭泣，有人想要退出。戚睿涵和李大坤为他举行了一个简单而肃穆的葬礼，将其放进深坑用厚土和石灰掩埋。戚睿涵站在众人的面前，声音沙哑却坚定：“王师弟不会白死，他的牺牲，提醒我们这项事业的凶险，也告诫我们每一个步骤都须如履薄冰。但我们不能退，退后一步，就是万丈深渊，就是南京城百万生灵涂炭。唯有前进，找到克敌之法，才能告慰他在天之灵！”
这件事后，规程被执行得更加严格，甚至到了苛刻的地步。但团队的凝聚力，在死亡的考验下，反而变得更加坚韧。
戚睿涵和李大坤几乎住在了皇庄。夜晚，在作为临时办公和休息的“洁净区”小屋里，油灯如豆。两人常常对坐，为某个技术细节争论不休，或是互相打气，分享一点点微不足道的进展。
“大坤，牛痘的传代减弱，必须控制好，不能让它失去激发免疫的能力，也不能让它还有太强的致病性。我们现在观察到第三代牛痘接种后，反应轻微，但能否产生足够的保护力，还需要用强毒来攻击测试，这又极其危险……”戚睿涵揉着发胀的太阳穴，眼底是化不开的疲惫。
“我明白，元芝。我们现在就像在走钢丝。”李大坤盯着油灯跳跃的火苗，声音低沉，“血清也是大问题。我们分离的手段太粗糙了，纯度恐怕不够，效果会打折扣，而且可能引起别的反应，比如……比如过敏，甚至传播别的疾病。可是，我们没有时间，也没有条件去提纯了。只能……只能先保证基本无菌，然后冒险一试。”
“没办法，条件如此，我们只能尽力优化流程，把风险降到最低。最重要的是先证明这条路走得通。哪怕只有一部分人因此得救，就是胜利！”戚睿涵的目光不由自主地投向北方，仿佛能穿透重重夜幕，看到那个在清廷工部衙门里，正在利用现代知识制造更多杀戮武器的身影——张晓宇。
他的心沉了沉，内心的紧迫感像毒蛇般噬咬着他。历史的轨迹因张晓宇的黑化而急剧偏转，清军拥有了超越时代的残忍武器，若他们不能尽快拿出对抗瘟疫的方法，所谓的联顺抗清，所谓的江南防线，恐怕真的会在这种内外交攻、生理和心理的双重打击下，分崩离析。
董小倩一直默默守在戚睿涵身边。她虽不懂那些精深的“医理”，但她心思缜密，武艺高强，主动承担起了核心区域的保卫和内部监察的重任，防止有任何意外或宵小破坏发生。她看着戚睿涵日渐消瘦，眼窝深陷，鬓角甚至过早地出现了几丝白发，心中酸痛，却无法在行动上给予太多帮助，只能默默地在生活上给予他尽可能的照顾——在他废寝忘食时，强行端来一碗热粥；在他伏案小憩时，为他轻轻披上外衣；在他因压力过大而情绪低沉时，递上一杯清茶，用无声的陪伴给他力量。
时间在紧张、焦虑、失败、牺牲和微弱的希望中艰难地流逝。转眼，已是弘光元年的四月。江南草长莺飞，杂花生树，群莺乱飞，一片生机勃勃的景象。但皇庄之内，无人有暇欣赏这春日美景。高墙隔绝了外面的世界，也隔绝了春意，这里只有与死神赛跑的压抑和忙碌。
真正的转机，出现在一次对康复者血液的处理上。李大坤在不断尝试优化血清提取方法时，再次运用了那种偶然发现的植物汁液，并且调整了静置的温度和环境，他发现分离出的血清不仅速度更快，色泽也更为清亮澄澈。他大胆地决定，用这批“改进型”血清，再次尝试治疗一只刚刚出现鼠疫症状（由接种了强毒鼠疫病原的猴子传染而来）的实验猴。
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令人惊喜的是，这只猴子在注射血清后，病情的发展明显减缓，虽然最终因为感染过重还是死亡了，但比之前未经任何治疗的猴子多存活了两天。这微小的差异，如同在黑暗中投入了一颗火种。
“有效，可能真的有效！”李大坤激动得声音都变了调，他拉着戚睿涵，指着记录的数据，“虽然没能救活，但病程延缓了。说明血清里的‘克敌之兵’在起作用！”
与此同时，对牛痘病毒的传代培养也取得了关键性进展。经过在五批小牛犊身上连续接种传代，他们观察到痘疹的反应逐代减轻，到第五代时，接种处仅出现轻微的红肿和少量痘疹，牛犊的精神食欲几乎不受影响。更令人振奋的是，他们将之前接种过第五代牛痘的牛犊，再次接触来自那头原始病牛的强毒痘浆，这些牛犊竟然安然无恙，没有任何发病迹象。而作为对照的、未接种过的新牛犊，在接触强毒后则迅速发病。
“成功了，疫苗……我们的疫苗成功了！”这一次，连一向沉稳的戚睿涵也忍不住热泪盈眶，紧紧抱住了浑身散发着各种异味、憔悴不堪的李大坤。整个实验室的人都欢呼起来，压抑了数月之久的阴霾，终于被这希望的曙光撕裂开一道口子。
五月，初夏的风开始带着一丝暖热，吹拂着皇庄内新绿的杂草。经过近两个月不分昼夜的艰苦奋战，在经历了无数次失败、调整、再试验，付出了生命的代价之后，第一批基于传代牛痘的“疫苗”和从多位康复者（经过更严格筛选）血液中提取的混合“血清”，终于宣告制备完成，数量虽然有限，但意义非凡。
这一日，皇庄核心的实验室内，气氛庄重而肃穆，仿佛在进行某种神圣的仪式。几个精心挑选、经过蒸煮消毒的小瓷瓶和玉罐，被整齐地摆放在铺着崭新白布的桌案上。里面盛放的，是色泽略显浑浊的液体——那是用第五代牛痘浆稀释而成的疫苗；以及几瓶略显淡黄色的清亮液体——那是采用新法提取的混合血清。
戚睿涵、李大坤，以及几位核心医官、还有自愿留下的董小倩，都换上了相对干净的衣物，围在桌旁。所有人都屏息凝神，目光聚焦在那些瓶罐上，仿佛看着世间最珍贵的宝物。李大坤用微微颤抖、因长期接触各种化学品而有些粗糙的手，拿起一个装有疫苗的小瓷瓶，对着从窗户缝隙透进来的阳光仔细观察。那浑浊的液体中，仿佛悬浮着无数微小的希望。
“成败……真正的考验，就在此一举了。”李大坤的声音因激动和疲惫而异常沙哑。
戚睿涵重重地拍了拍他的肩膀，目光扫过在场每一个面容憔悴、眼窝深陷却在此刻闪烁着激动光芒的人，他们的脸上有被口罩勒出的深痕，手上有被药液灼伤或动物抓咬的疤痕。他的声音坚定而充满力量：“我们已经做到了在这个时代、在这种条件下所能做到的极致。我们验证了原理，制备出了实物；接下来，就是验证它们在人身上效果的时候了。这第一步，或许艰难，或许仍有风险，但我们已经不再是束手无策。我们，拥有了反击的武器！”
董小倩看着戚睿涵，眼中充满了担忧，但更多的是支持与骄傲，她轻轻点了点头。
望着那些凝聚了无数心血、智慧、勇气甚至生命的瓶瓶罐罐，戚睿涵长长地、深深地舒了一口气，仿佛要将这数月来的压抑、焦虑和疲惫都倾吐出去。窗外，初夏明媚的阳光奋力刺破云层，洒在皇庄寂静而伤痕累累的院落里，照亮了地面上新生的杂草，也照亮了每个人眼中那重新燃起的火焰。
希望的火种已然点燃，尽管前路依旧吉凶未卜，人体试验的结果、大规模生产的困难、如何配送接种、清军的下一步行动……都还是悬在头顶的利剑。但至少，他们不再是只能被动地等待瘟疫的屠戮，他们，拥有了第一面可能抵御死神镰刀的、由科学与勇气铸就的盾牌。
金陵城的上空，战争的阴霾和瘟疫的威胁依旧厚重，但这一缕从皇庄高墙内透出的微光，或许真能穿透层层黑暗，为这片饱经磨难、挣扎求生的土地，带来一丝真正的、可触摸的生机。战斗，远未结束，但反击的号角，已经由这群不畏生死的先驱者，在这个初夏的清晨，悄然吹响。
