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随后郑芝龙将儿子郑成功引荐给隆武帝，隆武帝对郑成功的才华和志向十分赏识，赐他朱姓，改名“成功”，
意思是说反清复明成功，从此郑成功便被尊称为“国姓爷”。
1646年起，郑成功多次奉命进出闽、赣与清军作战，凭借出色的军事才能和英勇表现，深受隆武帝器重。
授其御营中军都督，仪同驸马。后封忠孝伯，挂招讨大将军印。
坐镇北京的多尔衮深恨郑氏父子，于顺治三年（1646年）派爱新觉罗.博洛去征战福建，叮嘱他一定要消灭隆武政权。
这里解释一下：博洛是努尔哈赤的孙子，饶余郡王阿巴泰的第三子。阿巴泰和多尔衮是异母兄弟，这样说来，博洛是多尔衮的侄子。
博洛率清军兵临城下，真正握有军政大权的郑芝龙，胆小怕死，萌生了投降之心。
清朝大学士洪承畴与郑芝龙是同乡，他奉命通过书信往来，以给予三省王爵的丰厚利诱，加上博洛大军压境威胁，郑芝龙选择了投降。
郑芝龙不顾郑成功、郑鸿逵等人的极力反对，决意带着其他几位儿子北上向清朝投降。
郑成功劝阻父亲不成，城池丢失，郑成功痛心疾首，无奈之下，只能带着部分士兵出走金门，与父亲分道扬镳。
到后来，博洛和洪承畴争夺劝降郑芝龙的功劳，洪承畴对多尔衮说自己一封信劝降了郑芝龙。
博洛说是我大军压境，以闽粤总督为诱饵，郑芝龙才选择了投降。
二人在多尔衮面前争的脸红脖子粗，最后还是多尔衮为二人都记了大功，这事才算结束了。
在一些历史记载中，洪承畴因劝降郑芝龙让清军顺利进军福建，被誉为“开清第一功”。这说明多尔衮更偏向洪承畴。
郑芝龙的投降，致使仙霞关等战略要地无人防守，清军得以长驱直入。博洛率清军破仙霞关，攻克浦城、建宁、延平，隆武帝朱聿键出走汀州。
博洛派遣阿济格、尼堪、努山等率军追击，攻破汀州，生擒朱聿键及一些藩王等，隆武政权覆灭。
之后，博洛又攻下兴化、漳州、泉州诸府，基本平定了福建。
然而，郑芝龙降清之后，博洛背信弃义，出兵攻打郑家的故乡泉州南安。
郑成功之母田川氏当时已从日本搬至南安定居，不幸碰上此次劫难，在战乱中自杀身亡。
郑成功得知母亲死后，悲愤交加，心中抗清的决心更加坚定。
他以厦门、金门两岛为抗清基地，收编郑芝龙旧部，积极招兵买马，高举反清复明的大旗，力量迅速壮大，成为南明后期主要军事力量之一。
1647年一月，郑成功在小金门以“忠孝伯招讨大将军罪臣国姓”之名誓师反清。
此后，他多次率军与清军作战，虽互有胜负，但始终没有放弃抗清的信念，在东南沿海一带持续给清军以沉重打击。
1649年（顺治六年），郑成功改追随永历帝朱由榔，永历帝册封其为“延平王” 。
郑成功的抗清行动，让多尔衮大为恼火。多尔衮多次下令围剿郑成功，
但郑成功凭借着出色的军事才能和海上优势，屡次成功突围，并不断扩大自己的势力范围。
多尔衮通过嘉定、扬州、江阴等地的血腥屠杀，虽暂时镇压了部分地区汉人的反抗，但郑成功等领导的反清力量却如星星之火，在东南沿海一带坚持抗清。
