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随着剧情的持续发展，木星帝国开始崭露头角，木星帝国是由木星圈的领导人，也就是首任木星帝国的总统德拉克斯?德卡兹一手建立；德拉克斯花费了将近70年的光阴将环境极其残酷恶劣的木星圈地带改造成人类可以居住的环境，但是随后地球联邦因为一系列的战争对木星圈的发展不闻不问，还以低劣的政治婚姻拉拢木星圈附庸自己，这让德拉克斯心中充满了怨恨。
木星帝国的前身是负责运载木星氢3能源的木星船队的根据地，也就是捷多-亚西塔工作的地方，木星帝国多次邀请捷多出山，但是捷多似乎看透了德拉克斯?德卡兹的扭曲人格，一直不同意加入木星帝国，为此还遭到了德拉克斯?德卡兹的软禁。
在U.C.0123年的宇宙巴比伦战争期间木星帝国假意向死亡先锋投降，希望联合死亡先锋通过能源禁运来打击地球联邦；在战争结束后德拉克斯考虑到木星帝国早已能摆脱联邦的统治自给自足，于是向地球联邦提出了独立的要求，但遭到联邦的拒绝，为了防止他自立大旗，地球联邦通过政治婚姻安抚德拉克斯（也就是贝娜提·布里耶的母亲）；经历了快70年残酷环境折磨的德拉克斯嫉妒地球圈的富饶，于是下定决心要毁灭地球，但是同时他也意识到只有几个殖民卫星的木星帝国要向公然对抗联邦简直就是以卵击石，因此他表面上归顺联邦，通过交换生的方式换取地球联邦的信任，背地里偷偷的向地球输送毒气，并秘密发展军事武器。
木星帝国的野心可谓是路人皆知，但是地球联邦现在内乱不断，军力掌控地球圈都有些捉襟见肘，更别提管控距离更远的木星了。
这时候心怀正义的贝拉-罗纳站了出来，面对萨比尼带着部分死亡先锋成员加入木星帝国的局面，果断收拢部下，组成了宇宙海盗来对抗木星帝国。
这也是剧情《机动战士海盗高达》的剧情，剧情由神龙公会开启。现在开启剧情的环节基本上相当于一次隐藏任务，玩家们借此抢占先机。
故事的焦点集中在了一位名叫托比亚·阿罗纳克斯的少年身上。托比亚是从地球圈前往木星圈的交换学生之一，但是在到达木星圈之际所乘坐的舰艇遭到宇宙海盗死亡先锋的袭击。
袭击这艘交换舰的机体是海盗高达X1，机师是化名为金凯度的西布克。
交换舰的周围全是NPC的机体，死亡先锋这边以西布克为核心，神龙公会为主力开始清剿NPC机体。
随着剧情的深入，玩家们可以自由使用自己的机体了，在一旁作战的脆脆角很快就注意到了大秦龙魂周围多了一台新的机体PMX-004泰坦尼亚。
泰坦尼亚的机师是大秦龙魂的朋友铁锅炖月亮，之前一直在小公会发展，现在眼见大秦龙魂坐稳了神龙公会的主力，直接就前来投靠大秦龙魂。
夜龙王也不吝啬直接就把新机体泰坦尼亚交给了铁锅炖月亮。大秦龙魂还调侃道：付羽，你小子面子够大的，上来就拿到了这么好的机体。
付羽是铁锅炖月亮的真名，听到秦嬴的调侃后，付羽直接说：那还不是借了赢哥你的面子嘛。
秦嬴直接说道：少拍马屁，晚上烧烤你必须请。
小事，游戏打爽了，吃啥都行。
铁锅炖月亮的泰坦尼亚和秦嬴的新机体Ε高达联手发力，付羽的实力不在秦嬴之下。
泰坦尼亚的18枚浮游炮全部散了出去，头部作为主监视器的独眼不断搜寻着敌人的踪影。
大秦龙魂的Ε高达来自于阿纳海姆电子公司的废案，原计划该机体的核脉冲推进系统是通过小型的定向核爆炸来“推动”MS进行空间跨越，理论上讲，通过这种系统所产生的推力将达到数百万吨！这将令ε高达拥有难以置信的运行范围，和无与伦比的速度。
然而，在高达尼姆ε合金的开发中，由于冲击、辐射等严苛的要求，令E高达根本无法承受由这种推进系统带来的反作用，最终该项目被认为是失败的产物而终止。
但是即使没有核脉冲推进系统，该机体依旧是非常优秀的高机动型机体。
由于设计时需要让E高达的武器能在超高速移动的同时使用，所以E高达的武器都是固定式的。
秦嬴和付羽相互配合，付羽将浮游炮排列好，开始猛烈输出。秦嬴则是不断游走，但凡有接近的敌人都会被秦嬴消灭。
脆脆角暗自记下这一幕，然后就开始心安理得的划水。
乱战之中，热血少年托比亚找到了一台杰刚，想也没想就坐了上去。等到他冲出去的时候，站在他面前的正是西布克的海盗高达X1。
西布克本来想随手解决掉这台杰刚，但是托比亚鬼斧神工的躲过了西布克的攻击。还顺势用光束步枪反击，西布克急忙背身，用抗光束披风接下了这一发光束。
这一击让西布克燃起了兴趣，直接掏出热能短刀冲了上去，可惜的是托比亚除了灵光一现的反击之外，整个就是一个萌新，被西布克三两招轻松制服。带回了母舰先锋女王号。
很快战斗就结束了，交流生们都被带到了先锋女王号上，贝拉在战舰上进行了演讲。
揭露了木星帝国打算用交流生掩人耳目，并且秘密对地球实施侵略准备的事实，由于木星帝国内部现在有大量的死亡先锋成员，所以贝拉的情报和信息都非常具有说服力。
贝拉拜托神龙公会将交流生们送回地球，让这些交流生们去诉说木星帝国的阴谋，同时也是保护这些孩子远离即将发生战争的木星。
但是知道了事情真相的托比亚，就如同他当初坐上杰刚参加战斗一样，选择了加上死亡先锋，成为对抗木星帝国的一员。
西布克觉得托比亚身上有一种一往无前的气质，直接收托比亚为徒。
机动战士海盗高达的剧情正式拉开序幕。
