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虽然小智认可小茂的实力，但出于担心小智还是进入了宝可梦塔，在宝可梦塔里小智被一只已经死了可达鸭偷袭，小智派出妙蛙种子攻击也无法击退他，直到用藤鞭将其困住，死去的可达鸭在变回了白骨。小智这才意识到有人在操纵死去的宝可梦，并且他推测出操纵失去宝可梦的就是紫色的烟雾。这时被控制的小茂和火恐龙攻击了小智，小智选择让妙蛙种子攻击操纵小茂的紫色烟雾，也就是鬼斯，但因为飞叶快刀无效，所以小智想出了让妙蛙种子将鬼斯吸入种子内再发射出去的方法，这一招果然有效，小茂的控制被解除并对小智表达了感谢。之后，小智从小茂那里得知了塔里还存在着更强大的敌人。于是，小智跟着小茂继续爬塔，途中他们遭到了溶解液的攻击，还好火恐龙高高跃起带着小智和小茂躲避了攻击。这时，幕后的阿桔走了出来，他派出阿伯怪攻击小智和小茂，小茂将阿桔的阿伯怪引到了二楼，假借其他宝可梦的尸体骗过了远处观察小智和小茂的阿桔，并让火恐龙使出劈开击杀了阿伯怪。阿桔离开后，被人类失踪事件搅扰的紫苑镇的居民们不再疑神疑鬼，小智也告诉富士老人应该向小茂道谢。
在VS卡咪龟中，小智的妙蛙种子进化成了妙蛙草，他还遇到了推销道具的可爱少女小蓝，小智忍不住楚楚可怜的小蓝买下了许多道具，但后来在对战中小智发现这些道具不是没用就是假货，搞得他一窝子火。来到玉虹市的小智和大木博士取得了联系，还得知了杰尼龟失窃的事情，就在小智抱怨这个世界上坏人真多时，他再次遇到了再卖道具的小蓝，小蓝见状立刻派出卡咪龟走水路逃跑，小智立刻派出卡比兽挡下。小蓝再次以楚楚可怜的样子魅惑小智，并趁机偷袭小智，但小智也早就看出了小蓝的阴谋没有上当用卡比兽轻而易举的打败了小蓝，小蓝也倒地不醒。小智得知了小蓝的名字以及她就是从大木博士那里偷走杰尼龟的小偷，因为觉得小蓝已经受到教训，他就离开了，但不曾想自己的徽章已经在不经意间被小蓝偷走了。小智无意间得知了火箭队也在找小蓝，于是他干掉一个火箭队手下换上了衣服潜入火箭队，并参与了他们围剿小蓝的计划。当小蓝被火箭队逼得走投无路之时，小智挺身而出救下了小蓝，小蓝的百变怪也变成了火箭队的狩猎地带头领肯泰罗反水了其他宝可梦攻击了火箭队，小蓝派出小胖丁和小智一起脱身。
在VS迷唇姐中，小智得知火箭队从小蓝那里抢回去的软体是假的，真的软体早就藏起来了。小蓝派出百变怪变成梦幻戏耍着火箭队的手下，并拿出自己发明西尔佛检视镜告诉小智这个道具能够捕捉超能力的波长。于是两人开始寻找梦幻，在路途中小蓝告诉小智自己的目标就是梦幻，她觉得梦幻能卖个好价钱；而小智表示自己的目的是想阻止火箭队利用梦幻造出凶恶的宝可梦。功夫不负有心人，他们成功找到了梦幻，小智派出了妙蛙草和小蓝的卡咪龟一起攻击梦幻，就在妙蛙草成功用藤鞭捆住梦幻时，火箭队赶到。他们发现了百变怪变成的梦幻是冒牌货并追到这里来找小智等人算账，小智让小蓝带着梦幻快跑，但依旧来不及了，火箭队派出的迷唇姐的精神强念困住了两人，小智看见梦幻因为被藤鞭缠住就要被迷唇姐的招式打中，派出蚊香泳士挡下攻击。梦幻解开藤鞭后也理解了小智的真实意图，直接秒杀了除小智和小蓝以及他们的宝可梦外的所有人和宝可梦，然后就消失了身影。小蓝拍到了梦幻的照片，向小智道谢后把两枚假的徽章还给了小智，但是此时小智根本不知道这徽章是假的。
在VS九尾中，小智再次遇到正在训练多边兽的小茂，不小心撞到对方的两人把精灵球也撒了一地。小茂因为着急离开随即拿走了身边的精灵球，但不曾想这里面其实都是小智的宝可梦。小智拿着小茂的宝可梦遇见了被野生宝可梦袭击的两位少女，小智随即派出宝可梦想要帮助两位少女才发现自己的精灵球和小茂拿混了，自己也被两位少女误以为是明星训练家小茂，于是将计就计的小智派出火恐龙想要赶走野生的宝可梦，但火恐龙却没有听小智的话，导致小智被野生的宝可梦踩倒在地。接着，小智就以自己的方式开始训练小茂的宝可梦，而另一边小智的宝可梦也被小茂拿来训练。三天后，小智在森林里看见了小茂拿着自己的宝可梦在和九尾对战，便上前旁观，九尾当然是被打得落荒而逃，此时小茂的豪力立刻上前拦下了九尾，同时他也进化成了怪力。小智和小茂换回了宝可梦，小智的宝可梦都被小茂培养的热爱训练，而小茂的宝可梦也被培育的和小茂更加亲近。
在VS伊布中，骑着自行车的小智被路过的莉佳的蔓藤怪碰到，导致小智人仰车翻，生气的小智上来就想要说法但却被莉佳的属下们压住了。这时，轿子里的莉佳让属下们放开小智，并亲自跟小智道歉。莉佳的属下压着小智的头让他给莉佳鞠躬，从属下们那里小智得知了莉佳是道馆馆主的事情，便向她发出了挑战，还将已有的两枚徽章给莉佳看。莉佳告诉小智自己只想跟有实力的宝可梦训练家对战，所以要求小智找到一只宝可梦，如果他成功就愿意和他进行以徽章为赌注的对战。小智来到宝可梦中心寻找伊布的资料，未果，想要联系大木博士也联系不上。这时正辉联系上了小智，并愿意帮助小智寻找伊布。正辉选择了联系研究所的伙伴们一起寻找，但等了半天都没有结果于是小智决定按照图鉴上显示的栖息地开始寻找伊布，正辉也拿出了属性探测仪帮助小智。果不其然，小智等人很快就遇到了指定的伊布，但伊布凭借着耳朵上的能力快速地根据小智派出的宝可梦的属性改变自己的形态，小智察觉到了伊布的能力派出妙蛙草用飞叶快刀封住了伊布的耳朵随后用日光束将其击败，看见伊布耳朵上人工装置的小智误以为这是莉佳干的好事，气冲冲的跑到了玉虹道馆打算找莉佳算账。小智来到玉虹道馆内看到伊布改造计划并且莉佳也说出伊布改造计划目的就是让伊布拥有实力的话，这导致小智误以为莉佳就是改造伊布的幕后黑手。这时，莉佳提出按照约定开始对战，但小智却表示自己不稀罕她的徽章，但莉佳还是派出的宝可梦强行跟小智开战，莉佳派出了蔓藤怪轻松打败了妙蛙草，小智立刻换上了蚊香泳士而莉佳也换上了喇叭芽，小智以为喇叭芽会被蚊香泳士的连环巴掌直接打败，但喇叭芽没有失去这都能里反而用模仿使出了连环巴掌打败了蚊香泳士。小智的最后一只宝可梦是皮卡丘，莉佳夸奖小智的最后一只皮卡丘看上去还蛮厉害的，但皮卡丘还是被霸王花的花瓣舞和剑舞轻松击败。这时，莉佳质问小智刚刚那股气势哪去了，她让小智提升实力后再来挑战，并且因为小智抓到了伊布所以以后会无条件的接受他的挑战。失落的小智突然想起了放在桌上的伊布，莉佳表示伊布应该已经快要丧命了，还是赶快打开精灵球让伊布死的干脆一点，毕竟伊布经历了那么残酷的实验。这时小智大吼表示如果自己失败了，就还会有很多宝可梦和伊布一样死了，听到了小智呼喊的皮卡丘用最后的体力制造出了替身，并用替身和霸王花对战让莉佳分心，知道莉佳反应过来时皮卡丘已经站到了伊布面前想要保护她，莉佳上前夸奖皮卡丘，接着就把机器的档位推到回复，其实伊布根本没事，她也早就从小霞和小刚那里听说了小智，刚刚的事情只是莉佳对小智的考验，说罢她便向小智道歉。她告诉小智其实在对伊布进行实验的组织确实存在，并且她前不久无意间得到了这份伊布改造书并得知了伊布逃走的事。小智询问莉佳是不是火箭队，莉佳表示肯定，并告诉小智他们都在研究火箭队的科学技术和战斗力所以自己也想见小智一面拉他入伍，小智欣然答应，莉佳还介绍了许多玉虹市的精英给小智认识。这是，靠着自己的勇基拉的超能力属性能力浮在空中的娜姿，看着小智带着被火箭队用来实验的伊布离开玉虹市。
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在VS尼多王中，小智来到了狩猎地带，狩猎地带是不能带精灵球入场的。小智乘坐着木筏深入狩猎地带，他看见了两只尼多王正在打架，趁着波波机器人不注意他丢出精灵球收服了一只尼多后惹怒了两只尼多王，尼多王拍碎了竹筏，小智也掉入河中被冲到了下流。尼多王并没有善罢甘休还在追着小智，狩猎地带负责人让小智用狩猎球尝试捕捉尼多后但也已失败告终，机器人波波还因为帮小智挡下攻击被打坏了，拿出认真态度的小智用石头打伤了尼多王的眼睛后就赶快逃跑。逃跑的小智又被大食花抓了起来，大食花、口呆花和喇叭芽会用捕捉的猎物来作为它们进化的能量。夜晚来临，机器人波波利用宝可梦之笛吵醒了睡眠中汲取猎物能量的大食花家族，接着又用皮皮玩偶吸引了它们的注意力然后趁机溜走，可是白天的那只尼多王也被吸引了过来。小智巧妙地挑起了大食花和尼多王之间都斗争，并趁机收服了大食花反杀了尼多王，然后将其收服。在狩猎地带的救援赶到之前，小智早就把狩猎地带里的宝可梦抓了个遍。
在VS鸭嘴火兽中，小智穿过地鼠洞穴回到了深灰市，他还遇到了坂木。这时，深灰科学博物馆燃气熊熊大火，坂木在一旁想借机观察小智的应对能力，小智派出卡比兽挡住两只引发火灾的鸭嘴火兽，在思考完对策后随即派出了穿山鼠使用泼沙来一边灭火一边攻击鸭嘴火兽，但毕竟泼沙的威力过小，所以小智让穿山鼠围着鸭嘴火兽快速奔跑形成了流沙漩涡，两只鸭嘴火兽也被流沙覆盖全身。正当坂木觉得小智是一个危险的存在准备将其除掉之际，小智收回了穿山鼠并表示自己是不会继续攻击没有防抗能力的宝可梦的。见状，坂木也不打算直接除掉小智了，因为他觉得小智过于天真。在拿到了坂木赠送的秘密琥珀后，小智就和坂木分道扬镳了。
在VS快龙中，小智从大木博士那里得知了秘传学习器的事情，他为了赶上小茂以及前往双子岛潜入19号水路的水中寻找冲浪的秘传学习器，但有一只野生的快龙一直潜伏在海底导致小智无法拿到秘传学习器。无奈小智派出了宝可梦们攻击快龙，乘机去拿秘传学习器，但因为卡比兽和快龙的打斗使得露出海面的岩石碎裂开来，快龙再次回到了海里并打坏了秘传学习器，然后小智也被石头压住。这时，小霞化作人鱼潜入旁的水中救下了小智。回到水面上的小智认出暴鲤龙，指挥它打败了快龙。虽然小霞帮小智拿到秘传学习器，但是似乎已经坏掉了，然而她表示小智如果想要渡海其实只要联络自己给他送去水属性宝可梦就好了。小霞细心指教小智如何用好冲浪，在练习过程中他们已经靠近了双子岛，小霞决定把暴鲤龙交给小智，并从小智那里拿了一只大钳蟹作为交换。小霞表明自己是因为担心小智过不了海才赶过来的，自己因为身为道馆馆主每天都很忙，所以拒绝了小智想让她陪同去双子岛找急冻鸟的请求，然后嘱咐小智照顾好暴鲤龙就骑着海星星走了。
