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帝俊的大军向山林进攻，至最后目标消失，却不停地在山林之中遇到从未见过的野兽，以至军队损失不小。帝俊只得下令撤军，退到平原之中再行交战，自己则率人进驻凤城，欲重新布置，重立大伏羲氏王朝。随着烛九阴率祝融诸部赶到，帝俊已然感到功成大半了。帝俊一面恢复已被撤销的雷泽氏、燧人氏，一面派人向南联络葛天氏及无怀氏，并问及自己的女儿，带回凤城。一面又遣人西向联络有巢氏。准备从东、南、北三面最后夹击涂山氏诸部。
而另一边，涂山氏并未消亡，在山林中，涂山氏重新集中了被帝俊从居住地逼走的中央氏和柏皇氏诸多氏族。闻知帝俊已联络诸部，涂山氏制定了细微的计划，先出昆仑以北（即秦岭）击破有巢氏，接着绕出北路进击共工部，接着绕出凤城从后面进攻帝俊。为实现这一计划，涂山氏先遣人游说有巢氏，希望有巢氏可以联合。
这一下，在有巢氏内部产生了分裂。传说中有故事：有巢氏中有发生政变，尔后向东投靠帝俊，被封为国师。还原传说，应是涂山氏在有巢氏内部形成意见分裂之际，突然从山中冲出。有巢氏顿时溃败，败退的有巢氏一部向东投靠了帝俊。一部向北去了山西，后又到了今辽宁内蒙附近，成了红山文化；另一部径直向东南来到了今安徽巢湖一带。
《庄子.盗跖》：“古者禽兽多而人民少、于是民皆巢居以避之。昼拾橡栗、暮栖木上，故命之曰有巢氏之民。”《遁甲开山图》说：“石楼山在琅玡，昔有巢氏治此山南。”石楼山”是寻找有巢氏的一条重要线索。然而全国叫“石楼山”的地名很多，又是哪个“石楼山”呢？“中华台”上的石鼓山，应是有巢氏建“巢”的地方。因为秦岭北麓橡树资源是极其丰富的。项峻在《始学编》说：“上古皆穴处，有圣人出，教之巢居，今南方巢居，北方穴处，古之遗迹也。》)。《逸周书·史记解》：“昔者有巢氏，有乱臣而贵任之，以国假之，以权擅国而主断，君已而夺之。臣怒而生变，有巢以亡。”这里的“亡”应为逃亡，迁徙之意。但，中央氏骊候却在苍之东土的南际山与有巢氏的战斗中阵亡。
有巢氏败亡，帝俊触目惊心，遂派人西出让恢复的雷泽氏尽快从背后夹击。自己又开始组织军队主力北移，准备迎击。而为了战胜帝俊，涂山氏的妹妹灵珠训练出了一支，也是中国第一支“特种部队”。一个隐秘猎杀部队。其首领自称梏桎，“梏”指古代木制的手铐。这里是械系、拘禁的意思。而“桎”古代拘系罪人两脚的刑具。梏桎有代指罪人之意。隐秘猎杀部队又分二个作战小队，一为潜行部队，由梏桎亲自率领，二为追猎部队，由持“犬”令牌者指挥，潜行部队拥有潜行接近目标的能力，同时也是最优秀的刺客。梏桎认为在“不公平的战斗”中击败对手很正常，她们为了击败对手不择手段。随着伏羲女娲政权影响的不断扩大，这些不承认任何官方权力的势力逐渐的减少。凤灵儿鼓励这些人放弃他们游牧式的生活以及对抢劫货物充满热情的奇怪嗜好，然后再壮大自己的隐秘作战部队的兵力。他们在军队编制上主要负责侦察敌情与反敌方侦察的机动灵活的侦察兵。但因氏族联盟时代的分工没有那么细至，所以他们做的也不只是侦察敌情那么简单。如他们同时也要到战地附近打探消息，关于地形地貌和地理环境，可饮用水源，在哪里有可行的道路画成军事地图，是否要找先锋队有山开路遇水搭桥。且他们对格斗和武器的掌握强于其他人，还十分善于隐藏。梏桎的部队对整个战场有着极大的助力。
梏桎身披黑影的披风，夜光般的眼神，蠢蠢欲动的身体，霹雳的雷声，滴滴的雨声，也听不出她轻快的脚步声，是那么柔情那么安静，安静得让世界都得已沉睡，在这一片空寂的雨夜里，月光格外皎洁的照射在每寸大地之时，那让人格外沉静的夜空之下，少数萤火虫在暗淡无色的夜景下增添了几道光芒之时，一阵清风吹来，落花飘洒，那一定格将这片引人入神的安静完全抹杀掉，她出现了，那瞬间踏入画面的那个步伐，矫健的身手，轻如止水的踏进了人们的视线范围，伴随着一阵轻风尾随，那柔顺的长发随着风而扬起，无形之中已取敌性命，刺客不仅仅单纯的刺杀而已，真正的刺杀就是当你看到刺客的影子之时，她已和你的影子合为一体。
就是这样的一支部队，在战场上灵敏穿梭，刺杀了帝俊军队的一些军官，致使帝俊的队伍未能有效组织起阵势，而在乱战中战败敌人则是涂山氏的特长。涂山氏挥军割断帝俊军各军的联系，直接包抄进攻凤城。帝俊一面亲自指挥并参加抵抗的战斗，一面命令城外的军队迅速向城内靠拢形成决战。又遣人快马请求东皇叔父率军救援。帝公的长子帝鸿也随着自己的母亲羲和一起出战。
涂山氏及柏皇等族的军队攻不下凤城，而东皇和叔已拍马杀到，只得分兵迎敌。战斗异常激烈，不知道过了多少时候，帝俊因体力不支不幸中箭，帝俊军见主将中箭，悲愤极度，于是开始总攻击。涂山氏诸部在对方的总攻击中也不敌，不仅未能攻入，中央氏、凤颢和凤灵儿也都战死于战场。
传说中双方发死力，双双破败，众祖巫合身自爆，与东皇太一、帝俊等人同归于尽。太一仰天嚎怒：“天地不仁，以万物为刍狗，圣人不仁，以生灵为蝼蚁，这便是天道？竟然天道要灭妖族，那么我今日拼死一战！”其中，妖师鲲鹏偷取河图、洛书，逃之夭夭。真实的图景是双方军队主将尽皆死伤。共工部鲲鹏眼见母亲后土及后卿战死，又看着帝俊帝鸿亦是战死，于是反身拿走了河图洛书，以防战败万一。
终于战场安静了下来。帝俊的部队在付出诸位主交战亡的代价后取得了战争的惨胜。鉴于凤城因为战争有所破败，且帝俊诸军家乡都在东面，于是战胜的帝俊军护着帝俊、帝鸿和羲和等人的灵枢缓缓向东退去。
回到根本地，因为部族首领已经战亡，因此作为尚且幸存的首辅鲲鹏和烛龙即烛九阴必须要确定新的大伏羲氏首领。而在此时，西面刚恢复的雷泽古部有书信到来。
究竟这战乱后的大伏羲部首领将交于何人呢？
