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永乐朝武勋精英损失惨重。
这些武勋丧生，使五军都督府内没有掌控军队，又缺少在军中深得众望的将领，更难以承担京师防御战，从而形成以于谦为主的兵部变成主导，进而导致五军都督府和兵部权力发生改变。
当年，于谦以一己之力，力挽狂澜，在世人心中留下关键时刻靠文官的印象。
从此卫所官吏的选拔任命，卫所操练，乃至于镇戍、边防皆由兵部统辖。
鉴于五军都督府乃祖制，兵部象征性给了些面子，安排五军都督府让管理军户户籍和屯，根本没有实权可言。
兵部掌兵权好处是军事领导趋于统一，成为高度集中的武装力量，容易形成较强战斗力，文官统领兵部难以危及皇权。
坏处亦显而易见，朝廷朝着以文制武的方向一路狂奔，同时，兵部对前线指挥干预过多，容易出现外行指挥内行。
其结果是守成有余，进取开拓不足。
为改变这种困境，不论正德亲自统军，设立两官厅，或嘉靖允许俞大猷和戚继光练私兵，万历允许李成梁打造军队，天启授意魏阉打造内操军，甚至崇祯计划整训京营，全都是对五军都督府没落，兵部独占军权的抗争和补救。
可惜正德早逝，嘉靖遇袭，万历，天启，崇祯统统失败。
现在辽东战场连连战败，与外行指挥内行密不可分。
他废五军都督府设大将军，兵权尽数归大将军府，即为纠正重文抑武造成严重恶果。
百官宦海沉浮，一眼瞧出皇帝何意。
夺权。
夺兵部的权。
更确切说，从文官手里夺兵部的权，提高武人地位。
以前，纵然皇帝所提及的问题统统存在，文官牢牢把持兵权，皇帝有心改变，难以挑衅文官利益团体。
怎奈皇帝一力破万法，昨日雷霆之势整顿经营，截止昨晚已有五六百名将官下狱，其中既包括吴自勉，徐镇都这种军户出身的将领，更包括海量文官出身的将官。
现在锦衣卫，东厂番子配合军法处，三司，还在不停抓捕贪污的将官，勋贵。
此事触皇帝霉头，但凡皇帝以扫清贪官污吏为由，光明正大大肆抓捕文官出身的将官，将给朝廷文官造成前所未有的打击。
何况，百官都不清楚皇帝还有没有后手。
至于说六科，都察院弹劾，与皇帝死磕到底，这招早失效了。
思索片刻，李国普苦恼的说：“陛下，臣不擅长军事，然设大将军府，是否像五军都督府分为前后左右中五府？”
朱由校不假思索，斩钉截铁说：“不，依照区域分为东北、华北、华东、中南、西北、西南六大都司，具体划分区域行省划分，总参的杨嗣昌，陈奇瑜，陈新甲尽快拿出章程来。”
